1.填料的選擇：即根據化合物的屬性選擇適合其分離的色譜模式及固定相（前一章關于化合物屬性中已講到）。

2.柱規格選擇：生物分析色譜柱規格的選擇要從內徑和柱長兩個指標來考慮。

不同內徑的色譜柱用途：2.1mm和3.0mm內徑色譜柱一般用于超液相色譜分析UPLC（分析時間短，效率高）；4.6mm內徑色譜柱一般用于常規液相色譜分析HPLC；10.0-300mm內徑色譜柱一般用于制備色譜PreHPLC。

不同柱長色譜柱優勢：UPLC一般柱長為50-100mm；常規HPLC和PreHPLC中，50-100mm柱長適用于易分離樣品，且分析時間短。150-300mm柱長適于難分離或分離度要求高的樣品，分析時間長。柱長越長，其柱效越高，但由于裝柱技術限制，300mm以上長度，柱效會相對更低，因此很少有大于300mm的柱長。

微觀上，色譜柱填料的規格又包括粒徑，孔徑，比表面積，封尾程度。

粒徑：色譜柱所裝填料的顆粒直徑。下圖為10μm硅膠填料在顯微鏡下的圖片。

粒徑大小一般有1.7μm，2.7μm，3.5μm，5μm，10μm，15μm，20μm，20-40μm，40-60μm。其中1.7-3.5μm主要用于UPLC快速分析，5μm填料主要用于常規HPLC，10μm-20μm通常用于高壓制備色譜（PreHPLC），20-40μm和40-60μm為粒徑不均勻填料，用于中低壓制備色譜（MPLC）。

粒徑越小，柱壓越高，分離度及靈敏度也越高。

孔徑：填料顆粒的表面和內部的孔的尺寸。100?，150?，200?，300?（更適合分離空間結構較大的大分子化合物，如核苷酸，蛋白等）。

比表面積：單位質量填料顆粒表面和內部孔的面積之和。比表面積越大，與樣品的接觸位點越多，載樣量越大，對樣品的保留越強，柱效越高。

封尾：將硅膠顆粒表面的裸露的硅羥基用小分子硅烷鍵合掉。

封尾降低了硅膠填料的活性，減少填料對堿性化合物形成氫鍵而造成的拖尾。同時封尾的色譜柱比不封尾的少了氫鍵作用的選擇性，因此對組分復雜樣品更適合選擇不封尾或一次封尾的色譜柱。