離子色譜柱柱的分離效率由理論塔板數（簡稱柱效，N）判定，柱效取決于固定相的種類、性質（粒度、粒徑分布等）、填充狀況、柱長、流動相的種類和流速及測定柱效所用物質的性質。N如果峰形對稱并符合正態分布，可近似表示為：N=16(Tr/W)^2=5.54(Tr/W(1/2))^2=L/H，顯然，N值越大，或H值越小，柱效越高。因此，分離效果主要取決于所選擇的固定相。

固定相的選擇對樣品的分離起著重要作用，在色譜分離中固定不動，使樣品保留并使之分離。不同類型的色譜采用不同的固定相，如氣-固色譜的固定相為各種具有吸附活性的固體吸附劑；氣-液色譜的固定相是載體表面涂漬的固定液，液相色譜中的固定相為各種鍵合型的硅膠小球，離子交換色譜中的固定相為各種離子交換劑，排阻色譜中的固定相為各種不同類型的凝膠等，常見的吸附柱填料為硅膠柱。

離子色譜柱的性能除了與固定相性能有關外，還與填充技術有關。在正常條件下，填料粒度> 20um時，干法填充制備柱較為合適；顆粒< 20um時，濕法填充較為理想。填充方法一般有四種：高壓勻漿法，多用于分析柱和小規模制備柱的填充；徑向加壓法，Waters；軸向加壓法，主要用于裝填大直徑柱；干法，柱填充的技術性很強，大多數實驗室使用已填充好的商品柱。必須指出，液相色譜柱的獲得，裝填技術是重要環節，但根本問題還在于填料本身性能的優劣，以及配套的色譜儀系統的的結構是否合理。

柱效受柱內外因素影響，為使色譜柱達到*效率，柱外死體積要小外，還要有合理的柱結構（盡可能減少填充床以外的死體積）及裝填技術。即使的裝填技術，在柱中心部位和沿管壁部位的填充情況總是不一樣的，靠近管壁的部位比較疏松，易產生溝流，流速較快，影響沖洗劑的流形，使譜帶加寬，這就是管壁效應。這種管壁區大約是從管壁向內算起30倍粒徑的厚度。在一般的液相色譜系統中，柱外效應對柱效的影響遠遠大于管壁效應。

評判色譜柱的好壞，使用前都要對其性能進行考察，使用期間或放置一段時間后也要重新檢查。柱性能指標包括在一定實驗條件下（樣品、流動相、流速、溫度）下的柱壓、理論塔板數、對稱因子、容量因子和選擇性因子的重復性，或分離度。一般說來容量因子和選擇性因子的重復性在±5%或±10%以內。進行柱效比較時，還要注意柱外效應是否有變化。具體操作方法如下：

1、在進行樣品檢測前，至少使用20倍柱體積流動相使色譜柱充分平衡。流動相一定要使用色譜級別的溶劑。如使用水相的緩沖液應當天配制以保持新鮮避免細菌產生。

2、流動相使用前需用微孔濾膜過濾,消除流動相中顆粒對色譜系統和色譜柱的損壞。緩沖液與其他流動相混合后應重新過濾避免溶解度變化造成產生新的沉淀。不應使用純水作為流動相沖洗C18色譜柱，以免柱性能損壞（添加5%的有機溶劑沖洗色譜柱，同時可以達到對緩沖鹽清洗的作用。還可以使色譜柱更容易平衡）。

3、流動相需脫氣后使用，可避免因氣泡導致的泵和檢測器的工作不正常。如果測試時使用的流動相與色譜柱保存使用的流動相有較大區別，應該使用過度分布的形式進行平衡。避免由于流動相的突然變化造成柱壓增加過大或流動相緩沖鹽結晶造成對色譜柱和儀器系統的損壞。正相色譜柱比反相色譜柱需要更長的平衡時間。