氨基柱是同時可以用于正相和反相條件的一種色譜柱。但正相溶劑和反相溶劑是不互溶的，這一點不能忽略。對于新購柱子，首先請注意打開分析測試說明書，了解柱子的保存溶劑。如果保存溶劑與你將要使用的流動相極性不同不會互溶，請先用異丙醇過渡。過渡過程中注意因異丙醇粘度較大，會導致柱壓很高，適當調低流速。如果流動相中還有緩沖鹽類，先用不含緩沖鹽的同比例流動相過渡，避免緩沖鹽的析出。
柱效檢測： 流動相：10％乙酸乙酯＋90％正己烷 流速1.0
標準溶液：乙苯（或甲苯）＋苯甲酸甲酯
檢測波長254nm
這個方法特別適用于新購柱子（新購柱子往往保存在正相溶劑中）時即進行檢測，如有問題，可及時與供應商溝通。
（1） 平時在正相條件下使用：
首先用50倍柱體積的異丙醇清洗，因異丙醇粘度較大需適當放低流速；之后，用50倍的甲醇清洗；之后，用異丙醇過渡回到平常使用的正相流動相，即可。
（2）平時在反相條件下使用：
緩沖鹽應及時沖洗，不能直接用純甲醇沖洗緩沖鹽等，屬常識就不作特別交待。
用50倍純甲醇沖洗；之后，用異丙醇過渡后，用二氯甲烷沖洗色譜柱；之后，再用異丙醇過渡回來到甲醇條件下。
這些清洗方法，主要是針對當樣品中有雜質逐步吸附累積到填料上時的處理方法，色譜柱表現行為為諸如柱壓增高柱效降低等。
一般C18或C8反相色譜柱，不能用純水沖洗，有機相比例至少5%，否則鍵合相碳鏈會發生卷曲，導致色譜柱性能不穩定。
如果是正相柱，是肯定不能用水沖的，極少量的水都可能對色譜柱造成不可逆的損害。
其他柱，氨基柱由正相過渡到反相系統時，可以用堿性水溶液（pH不可過高，會水解）和純水沖洗，氨基柱一般不用純水，但可以用乙腈等的水溶液沖柱，但是不能長時間沖。氨基柱跟氰基柱在水相中都有水解問題，用在反相系統時需特別注意pH值。
氨基柱活化是指新裝色譜柱在使用前要進行老化處理，其目的是取出殘留的溶劑、水分和低沸點雜質，同時也使固定液在載體表面形成均勻的膜。